No caso, a IN 2/MMA é uma Instrução Normativa. 
Instruções Normativas são atos administrativos, que tem o objetivo de orientar a aplicação de direitos e deveres estabelecidos em lei, por parte dos órgãos. 
Elas não criam novas obrigações e/ou penalidades e nem atribuem direitos a terceiros. 

A Lei Estadual tem prevalência sobre a IN Ministerial, uma vez que as leis, como normas infraconstitucionais, possuem maior força do que atos administrativos. 
Assim, se houver conflito entre uma lei estadual e uma IN, a lei deve ser respeitada.

Alguns pontos à se observar:

• Nível hieráqruico: as leis estaduais são emanadas pelos poderes legislativos estaduais, estão acima das IN's, que por sua vez são atos administrativos expedidos por órgãos executivos;
• Competência legislativa: A CF atribui as competências legislativas para União, os estados e municípios. Cada um na sua competência.
• Princípio da legalidade: a administração pública só pode agir com base na lei. Uma IN que contrarie um dispositivo legal considera-se inválido.   

https://www.ima.sc.gov.br/index.php/licenciamento/sistemas-ambientais/cadastro-ambiental-rural-car

Para efeitos de inscrição no CAR, o imóvel rural é definido como de área contínua, localizado em zona rural ou urbana, que se destine ou possa se destinar à exploração agrícola, pecuária, extrativa vegetal, florestal ou agroindustrial, conforme disposto no inciso I do art. 4º da Lei no 8.629, de 25 de fevereiro de 1993, podendo ser caracterizado como:

• pequena propriedade ou posse: com área de até 4 (quatro) módulos fiscais, incluindo as terras indígenas demarcadas e demais áreas tituladas de povos e comunidades tradicionais que façam uso coletivo do seu território;
• média propriedade ou posse: com área superior a 4 (quatro) até 15 (quinze) módulos fiscais;
• grande propriedade ou posse: com área superior a 15 (quinze) módulos fiscais.

O conjunto de propriedades ou posses, em área contínua, pertencentes às mesmas pessoas, físicas ou jurídicas, será considerado como um único imóvel rural devendo ser feita uma única inscrição declarando as informações contidas nos respectivos documentos comprobatórios. Para o cumprimento dos percentuais da Reserva Legal, bem como para a definição da faixa de recomposição de Áreas de Preservação Permanente, previstos na Lei 12.651/12, será considerada a totalidade das áreas de propriedades e posses.

Contudo, o Artigo 28-A da Lei Estadual nº 14.675, de 13 de abril de 2009, em seu § 2º, traz o seguinte: "Para a caracterização da pequena propriedade ou posse rural, será isoladamente considerada a área que integra cada título de propriedade ou de posse, ainda que confrontante com outro imóvel pertencente ao mesmo titular."

Portanto, em SC os imóveis com áreas contíguas de mesma titularidade que possuírem até 4 módulos fiscais, podem ser cadastrados por matrícula. Os imóveis com área acima de 4 módulos fiscais devem ser cadastrados por imóvel, conforme definição citada acima.

Art. 2° Para os efeitos desta Instrução Normativa, entende-se por:
I - imóvel rural: o prédio rústico de área contínua, qualquer que seja sua localização, que se destine ou possa se destinar à exploração agrícola, pecuária, extrativa vegetal, florestal ou agroindustrial,
conforme disposto no inciso I do art. 4o da Lei n o 8.629, de 25 de fevereiro de 1993, podendo ser caracterizado como:
a) pequena propriedade ou posse: com área de até 4 (quatro) módulos fiscais, incluindo aquelas descritas nos termos do inciso V do art. 3o da Lei no 12.651, de 2012;
b) média propriedade ou posse: com área superior a 4 (quatro) até 15 (quinze) módulos fiscais;
c) grande propriedade ou posse: com área superior a 15 (quinze) módulos fiscais;

Art. 31. Para o imóvel rural que contemple mais de um proprietário ou possuidor, pessoa física ou jurídica, deverá ser feita apenas uma única inscrição no CAR, com indicação da identificação correspondente a todos os proprietários ou possuidores. 

Art. 32. Os proprietários ou possuidores de imóveis rurais, que dispõem de mais de uma propriedade ou posse em área contínua, deverão efetuar uma única inscrição para esses imóveis.